一、性质不同：
(1)棚户区改造：是为惠民利民民心工程，实施棚户区改造的根本目的是改善群众的居住条件，兼顾完善城市功能、改善城市环境。
(2)房屋拆迁：是指因国家建设、城市改造、整顿市容和环境保护等需要，由建设单位或个人对现存建设用地上的房屋进行拆除，对房屋所有者或使用者进行迁移安置并视情况给予一定补偿的活动。
二、补偿标准规定不同：
1、棚户区的改造补偿：通常是居民补偿，又分为货币补偿和产权置换补偿。
(1)产权置换包括:1：1.5的面积置换;
(2)房屋重置成新价格，即把房屋折算成价格，其与房屋的新旧、装修、结构均有关系;
(3)其他的搬迁奖励。
2、房屋拆迁补偿：指拆迁人对被拆除房屋的所有人，依照《国有土地上房屋征收与补偿条例》的规定给予的补偿，拆迁补偿方式包括：
(1)货币补偿;
(2)房屋产权调换;
(3)还可以选择货币补偿和产权置换相结合的补偿方式。
根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二条、第十九条规定，征收国有土地上单位、个人的房屋，应当对被征收房屋所有权人给予公平补偿。对被征收房屋价值的补偿，不得低于房屋征收决定公告之日被征收房屋类似房地产的市场价格。
三、主导方式不同
棚户区改造为政府主导并实施操作，改造按照“政府主导、市场运作”的原则实施。政府除了鼓励地方实行财政补贴、税费减免、土地出让收益返还等优惠政策外，还允许在改造项目里，配套建设一定比例商业服务设施和商品住房，支持让渡部分政府收益，吸引开发企业参与棚户区改造。
房屋拆迁为政府引导或准予，可由人民政府组织统一拆迁，自行拆迁，委托拆迁三种形式。
1、人民政府组织统一拆迁。
即由人民政府或其专门委托的单位统一进行拆除、补偿、安置等工作。它是国家提倡和鼓励采用的拆迁方式，《拆迁条例》规定：“有条件的城市和城市中实行综合开发的地区，应当实施统一拆迁。”
2、自行拆迁。
它是指拆迁人自己对被拆迁人进行拆迁安置和补偿。主要拆迁业务人员必须在拆迁主管机关进行培训，取得拆迁资格证书后才能上岗。
3、委托拆迁。
它是指拆迁人将房屋拆迁的补偿和安置工作委托他人进行。被委托人应当是取得房屋拆迁资格证书的单位。
