1、概念不同
经济适用房和商品房是两种完全不同的房屋，自然这两种房子的概念也就不一样了，商品房是由房地产开发企业开发建设并出售、出租的房屋。经适房由国家统一下达计划，用地一般实行行政划拨的方式，免收土地出让金，对各种经批准的收费实行减半征收，出售价格实行政府指导价，按保本微利的原则确定。
2、房屋质量不同
经济适用房突出点是经济实惠，商品房突出的产品本身，追求经济的经济适用房自然在各方面的设计以及产品质量主要以经济为主，而商品房如果各方面都和经济适用房差不多的话，相信也没有人愿意花这么多钱去购买。
3、定价不同
经济适用房是由政府管理的，当然价格也是由政府规定的，经济适用房的价格比较固定，一般是低于市场价的;而商品房由开发商自己管理且决定和价格的，一般开发商一旦把地拍进以后，政府在通常情况下是不干预的，商品房一般都是按照市场价格来决定的。
4、户型及设计理念上不同
经济适用房在设计的时候，主要是以满足居民的基本生活需要为重点，从居室类型看，主要有一居室到四居室及越层等类型，其中又以面积在70～130平方米的二居室和三居室为主，两者占到目前本市市经济适用住房户型的80%以上，设计时以经济适用为出发点，突出“经济、实惠”四个字。
5、享有权利
由于经济适用房的土地是由国家统一划拨的，属于划拨制，这种房屋是享受免征地土出让金等各种优惠措施，使得建设成本明显低于商品房。因此，经济适用房的房主只享有房屋占有权、房屋处分权、房屋使用权而不能享受房屋收益权，如将房屋上市交易，必须补交土地出让金及各种税费后才可上市，而商品房是完全产权，没有此项限制。
6、购买对象不同
商品住的购买对象是所有人，只要符合当地购房条件且有钱就可以购买，购房者可以根据自己的能力选择购买，但是对于经济适用房来说，是有严格的标准以及审查程序的，申请人的住房面积、可收入支配、是否发生过住房交易等等都会影响到购房人的申请资格。
7、再交易限制不同
由于经济适用房是由政府划拨土地建设的，购买者如果再次转让其房产，须就转让价格高于房产价值的部分向国家交纳土地收益金或者须在补交相关土地出让金后再将该房产连同土地使用权转让。而商品房的转让程序已经较为成熟。
