1、按照现行规定，农村宅基地所有归农村集体组织所有，农民只拥有其使用权，故不存在法律意义上的交易市场，房屋的交易也仅仅限制于农村组织内部成员之间，没有一个统一明晰的市场价格。因此农村房屋在评估时不能使用市场比较法，但是在现实情况中，小产权房交易及宅基地置换等都涉及农村房地产市场，因此在直接评估中应该涉及到市场法的范畴。
2、农村房屋评估从理论上说可以采用收益还原法，在运用收益还原法时，需收集集体土地类似企业的收入和运营费用等资料，用以计算客观收益。但是现实中农村房屋有收益但又很少出现交易情况下，由于同一供需圈内类似房地产不多，资料少而难以直接采用，因此无法利用收益法进行农村房屋的估价。
3、假设开发法一般适用于具有开发和再开发潜力并即将开发或再开发的房地产，是以规划中的开发条件为假设前提的，是估价最高最佳使用原则的最生动体现。因而，假设开发法对于没有明确再开发计划的集体房地产的抵押评估是不合适的。
4、成本法是对现有的房屋按照正常市场标准下的重新建造房屋所需成本的测算，然后考虑资金的利息并计取一定的开发(或建设)利润，得出完全重置成本价，然后根据实际情况和法律规范确定房屋成新率，二者相乘后得出房屋的评估价值的方法。
集体与国有土地产权房屋的区别
1.两种均为土地使用权属的证明，但是一般的住宅有70年的使用期限，属非永久的土地产权证明，而在集体土地上建设的房屋是没有使用的期限的，可拥有永久产权证。
2.拥有国有土地的使用权证的，房屋是可以过户的；集体土地使用权证则不可办理过户。
3.国有土地办证的费用比集体土地办证的费用要高，因为需要交较多税费。
4.集体土地是无个人房产的土地证明的，因为集体土地没法进行分割，不可以过户交易，而国有土地房屋的产权办理都可正常进行。
5.若因某些原因导致拆迁，集体土地的房屋在土地补偿方面也是跟国有土地有些不同。
