1、房产可能是违法建筑。
村民建造农民房应当办理相应的证书，深圳常见的是“两证一书”，即建房土地使用证、建筑许可证和居民兴建住宅用地批准通知书。现在关外买卖的农民房，有些是村民私下抢建的，根本没有合法建造的手续。
在实践中，还有村民和合作方使用早已过期的证书、或者是超过证书规定面积私下加建的，这些都属于违法建筑。如果是违法建筑，这种风险非常大，可能被政府强制拆除，将来拆迁，政府也可能不给予补偿。如果该房屋能够办理房产证书(绿本)，表明政府对产权人的权利是认可的，一般不会是违法建筑。
2、农民房无法过户，不能将房产证办至买房人的名下。
即使买房人签了购房合同付完房款，并且实际搬迁进去一直居住，但按照目前国土局的作法，这种房产不能办理房产过户手续。农民房买卖的现象在深圳特别是关外还比较多，只要原先的买房人没有异议，买房人也可以一直居住下去。根据我国法律的规定，不动产物权以登记为准，由于农民房没法过户，因此，即使买房一直在居住，但这个房产其实一直是原建房人的房产。
3、房产买卖合同可能会被认定为无效。
理由是农民房转让必然导致宅基地使用权的转让，而宅基地使用权交易是法律所禁止的。关于农民房买卖合同是否有效的问题，这个在理论上还有不同看法，有认为有效的，也有认为无效的。
但在司法实践中，如果买房人是本地集体组织户口的村民，可以认定合同有效；如果买房人是城镇户口居民或者非当地户口的村民的一般认定合同无效。
农村房屋过户需要哪些手续
1、需要登记申请书；申请人的身份证明；房屋产权证书；
2、也需要宅基地使用权证明或者集体拥有建设用地使用权证明；证明房屋产权发生转移的材料；
3、那其他必要材料；如果是申请村民住房产权转移登记的，还应当提交农村集体经济组织同意转移的证明材料。
