1、明显的区别是两者之间的性质：土地的立项不同，产权年限也不同，规划审批的地上建筑物形式也不同，缴纳土地出让金的多少也不同，必须严格按照立项的批复，规划局的规划建，否则就属违规。
2、商业用房是指各类商店、门市部、饮食店、粮油店、菜场、理发店、照相馆、浴室、旅社、招待所等从事商业和为居民生活服务所用的房屋，以及用房，如写字楼等，还包括车库等。
3、关于商业用房的另一种解释：商业用房是指房地产开发公司开发的供商业、粮食、供销、饮食业等部门对外营业用的商店、门市部、粮店、书店、供销店、饮食店等房屋。一般指底层临街的房屋。
4、在用途上工业用房就偏向于工业行业产业了，这也就决定了两者之间建筑选址的大不同。
工业用房转让需要交纳哪些税
出让方：
1、营业税：单位和个人受让的土地使用权，以转让土地使用权取得的全部收入减去土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额，按照5%的税率缴纳营业税。
2、城市维护建设税和教育费附加：以上述营业税额为计税依据，分别按照5%(纳税人在县城、镇的)和3%的税率缴纳城市维护建设税和教育费附加。
3、土地增值税：以转让土地使用权取得的全部收入减去法定的扣除额后的余额为土地增值额，按照累进税率缴纳土地增值税。法定的扣除额：取得土地使用权所支付的金额;开发土地的成本、费用;与转让房地产有关的税金等。
税率：增值额未超过扣除项目金额的50%的部分，税率为30%;增值额超过扣除项目金额的50%至100%的，税率为40%;增值额超过扣除项目金额的100%至200%的，税率为50%;增值额超过扣除项目金额200%的，税率为60%。
为计算方便，可以通过速算公式计算：土地增值税税额=增值额*税率-扣除项目金额*速算扣除系数(0、5%、15%、35%分别对应30%、40%、50%、60%税率)。当然，若税务机关发现以上数据不够真实，会要求对转让价格或扣除费用进行评估。
4、企业所得税：按25%的税率缴纳企业所得税。
5、印花税：按产权转移书据(合同)所载金额缴纳0.05%的印花税。
受让方：
1、城镇土地使用税：以纳税人实际占用的土地面积(平方米)为计税依据，按一定的税率(每个城市各不相同)按年缴纳。
2、印花税：按产权转移书据(合同)所载金额缴纳0.05%的印花税。
3、契税：土地使用权的转让，以成交价格为计税依据，以3%税率缴纳契税。
