1、未来使用费用不确定。前者如按公建用途规定，其水、电、暖等使用费用都将采取商用价格。所以，对于购房者应该在购房时询问清楚。目前，开发商大多在前期开发中采取相应的补救措施，能按民用价格缴纳。
2、相关税费的差异。普通住宅项目初次购买和未来转让时契税为1.5%，而50年产权的住宅，其契税按3%缴纳。
3、贷款条件的限制。购买此类房屋大多不能申请公积金贷款，但是也有少数项目在开发商的努力下能够办到。另50年产权或者40年产权的住宅，如采用银行贷款的方式，只能得到五成或六成按揭。
4、建设标准不同。如果按照公建相关要求，前者的人防和消防等建设标准较高，对开发商而言，成本将提高，但对购房者的使用影响不大。
50年产权房到期了怎么办
1、房地产权属包括，房屋建筑本身的所有权，和所占土地的使用权。房屋建筑本身的所有权，是终身享有的，可继承的。土地的使用权是有期限的，一般所说的使用年限，指的就是土地的合用权如果土地使用权到期，没有办理继期，如果动迁，只会补偿房屋所有权的钱(75%)左右，没有土地使用权的补偿(25%)左右2006年出台的物权法规定。
2、住宅性质的土地使用权70年到期后，自己续期，也就是你不用管，也不用办，就自己续期了对于商业性质的(40年使用权)到期后是要从新办理的。可能会有机关费用，物权法的解释是按当时的相关规定执行，现无现行标准。对于其它性质的，如工业，旅游等(50年使用权)与商业性质的相同。
