无证房屋会被认定为违法建筑。违法建筑是指在城市规划内，未取得建设工程规划许可证件或者违反建设工程规划许可证的规定建设，严重影响城市规划的建筑。包括以下四种情况：
1、未申请或申请未获批准，未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证而建成的建筑。
2、擅自改变建设工程规划许可证的规定建成的建筑。
3、擅自改变了使用性质建成的建筑。第四，擅自将临时建筑建设成为永久性建筑。
那么是由哪个部门认定房屋的违法性，对于不同类型的违法建筑，又将如何处理呢？
《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定：“未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设；尚可采取改正措施消除对规划实施的影响的，限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款；无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。”
因此，对于违法建筑，是由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门进行处理的，针对其存在的情况有四种处理办法：
（1）正在施工建设中的，责令停止建设。
（2）尚可采取盖章措施消除对规划实施的影响的，限制改正，处建设工程造价5%以上10%以下的罚款。
（3）无法采取改正措施消除影响的，限期拆除；
（4）不能拆除的，没收实务或违法收入，可以并处建设工程造价10%以下的罚款。
同时关于违法建筑的认定和处理，一般需要把握三个原则。
1、应当尊重历史、事实求实。由于我国现代化发展时间较晚，许多城市房屋登记不健全是常见现象。在对征收范围内的房屋认定时，要依据未能登记的原因，采取不同的处理办法。对于因历史原因造成的登记不全的房屋，应当及时补办。对于现阶段不能解决的，也应当同被征收人进行沟通交流。
2、对于不同类型的违法建筑应当区别对待。即使是违法建筑也存在不同类型，对其处理不能一概而论。
（1）对于因政府各部门原因而导致的房屋手续不全的违法建筑，应当及时敦促相关部门尽早为被征收人不全手续。
（2）对于被征收房屋违法情节轻微、可以采取采取改正措施的，或者虽然无法改正，但对于城乡规划和城乡面貌影响不大的，可责令改正、罚款等措施先行处理。
（3）对于严重影响规划，情节严重的，可责令有关部门依照法定程序予以拆除。
3、应当公平、公开、公正。在房屋征收补偿中，对于被征收人应当坚持不徇私、不歧视。
同时，对于由城市规划部门认定并作出处理决定的结果，当事人如果不服，有权就此处理决定申请行政复议或者向人民法院提起行政诉讼。
