1、产权不明确的房屋拆迁补偿问题
产权不明确的房屋是房屋的产权归属有争议或不能确定产权所有人的房屋。《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十六条规定，被征收房屋所有权人不明确的，由房屋征收部门报请作出房屋征收决定的市、县级人民政府依照本条例的规定，按照征收补偿方案作出补偿决定，并在房屋征收范围内予以公告。
2、共有房屋的拆迁补偿安置问题
全体共有人要求对共有房屋实行产权调换的，应予准许，产权调换的房屋和被拆迁房屋的差价，应由全体共有人承担。对不可分割的共有房屋，部分共有人要求产权调换，部分共有人要求货币补偿的，应给予货币补偿。
3、设有抵押权的房屋拆迁补偿问题
《担保法》第58条规定，抵押权因抵押物灭失而消灭。因灭失所得的赔偿金，应当作为抵押财产。《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国担保法〉若干问题的解释》第80条规定，在抵押物灭失、毁损或者被征用的情况下，抵押权人可以就该抵押物的保险金、赔偿金或者补偿金优先受偿。在实行产权调换补偿时，由于调换房屋是特定物，抵押权可以延伸，抵押权人与抵押人不需要就调换的房屋再签订抵押合同，也不需再办理登记，可以优先受偿。实行货币补偿的因货币是种类物，抵押权人应申请法院采取适当保全措施。
4、在产权调换中对被拆迁人的特别保护措施
最高人民法院《关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第七条第一款规定：拆迁人与被拆迁人按照所有权调换形式订立拆迁补偿安置协议，明确约定拆迁人以位置、用途特定的房屋对被拆迁人予以补偿安置，如果拆迁人将补偿安置房屋另行出卖给第三人，被拆迁人请求优先取得补偿安置房屋的，应予支持。
5、临时建筑和违章建筑的拆迁补偿问题
临时建筑是由规划部门批准建设短期内临时使用的建筑，但不发产权证。临时建筑有严格的使用年限，拆除超过使用年限的临时建筑不予补偿;未超过批准使用年限的，应给予适当补偿。补偿的标准可以参照该建筑剩余年限的租金计算。拆除违章建筑一律不予补偿。
